Activité : les anticorps

Quelques définitions. On appelle antigène, une substance que le système immunologique d’un individu reconnaît comme étrangère.

Exemple :

- Une toxine, est une substance chimique (=molécule) produite par des bactéries. Cette molécule est un antigène.

- Une bactérie, possèdent un très grand nombre de molécules à la surface de sa membrane plasmique. Chacune de ces molécules est un antigène.

Les anticorps sont produits par l’organisme après une exposition à un antigène. Les anticorps sont spécifiques d’un antigène donné. Les anticorps permettent l’élimination de l’agent infectieux (toxine, bactérie…). Les anticorps sont également appelés : immunoglobulines G (igg).

Comment expliquer la spécificité des anticorps à un antigène donné ?

La forme (=structure) d’un anticorps

1. Lancer le logiciel Libmol.

2. Rechercher dans la librairie de molécules « igg » et sélectionner « Modèle théorique d’un anticorps complet ».

3. Dans « Commandes » représenter par « Sphères » et colorer par « Chaînes ».

4. Identifier et dénombrer les différentes chaînes qui constituent un anticorps.

5. Déplacer le curseur de la souris sur les différentes chaînes et regarder comment ces différentes chaînes sont nommées.

6. Réaliser une capture d’écran et légender cette capture dans LibreOffice Impress.

La forme (=structure) d’un anticorps ayant fixé un antigène

1. Ouvrir dans une nouvelle fenêtre le logiciel Libmol.

2. Rechercher dans la librairie de molécules « anticorps » et sélectionner « Anticorps anti-lysozyme ».

3. Dans « Commandes » représenter par « Sphères » et colorer par « Chaînes ».

4. Modifier la représentation de l’antigène : dans « Séquence » désélectionner les chaînes L et H pour ne garder sélectionné que la chaîne Y (il s’agit de l’antigène), puis dans « Commandes » représenter l’antigène en gris.

5. Réaliser une capture d’écran et légender cette capture dans LibreOffice Impress.

Information : un anticorps est une protéine constituée de différentes chaînes. Les chaînes sont donc des séquences d’acides aminés.

La composition d’un anticorps (=séquence d’acides aminés)

1. Lancer le logiciel Geniegen2.

2. Dans « Ouvrir une banque de séquences », rechercher « anticorps » et sélectionner « Séquences des 4 chaînes d’un même anticorps » et charger les séquences.

3. Sélectionner les 2 chaînes lourdes (notées A1 et A2), puis dans « Actions » aligner les séquences. Observer le résultat de la comparaison.

4. Sélectionner les 2 chaînes légères (notées B1 et B2), puis dans « Actions » aligner les séquences. Observer le résultat de la comparaison.

5. Sélectionner les 1 chaîne lourde et 1 chaîne légère, puis dans « Actions » aligner les séquences. Observer le résultat de la comparaison.

6. Dans « Edition » supprimer toutes les séquences.

7. Dans « Fichier », cliquer sur « Ouvrir une banque de séquences », puis rechercher « anticorps » et sélectionner « Séquences polypeptidiques de chaînes complètes d’anticorps » et charger les séquences. Les chaînes polypeptidiques de deux anticorps différents d’une personne s’affichent (les deux anticorps ne sont pas spécifiques du même antigène).

8. Réaliser une comparaison avec alignement des chaînes lourdes (notées H) des deux anticorps différents et observer le résultat.

9. Réaliser une comparaison avec alignement des chaînes lourdes (notées Ll) des deux anticorps différents et observer le résultat.

Conclusion

Rédiger un court texte décrivant les caractéristiques d’un anticorps, les zones de fixation de l’anticorps sur l’antigène et expliquant la spécificité d’un anticorps pour un antigène donné.